A gyülekezet templom és iskola nélkül

A királynő rendeletére hivatkozva a helytartótanács hamarosan kiadta határozatát, mely megszünteti Győrött a szabad vallásgyakorlatot, s elveszi az újvárosi (református és evangélikus) templomokat, a paplakokat és iskolákat, az alkalmazottaknak pedig állásukról le kellett mondaniuk. A gyülekezet ügyeit a konvent vette kezébe, a királyi rendelet ezt nem érintette. Többször is próbáltak kihallgatást kérni az udvarban, de eredménytelenül. József főherceg 1768-ban utazást tett Magyarországon. A győriek felkeresték, és kérvényt adtak át neki, melyben gondjaik megoldását kérték. József megígérte, hogy tájékozódik, s majd fogadja őket. Ígéretét be is tartotta, a vele való találkozás halvány reménysugarat eredményezett. Azzal bocsátotta el a küldöttséget, ha bizonyítani tudják az 1681-es törvények alapján nyert vallásszabadságot, reménykedhetnek. A konvent összegyűjtötte a szükséges iratokat, de József távollétében személyesen átadni nem tudták. A kérvény Esterházy kancellár kezébe került, aki az ügyet durván elutasította.

A pásztor nélkül maradt nyáj úgy élte, gyakorolta vallását, ahogy lehetett. Felpécre és Tétre jártak istentiszteletre. Akinek nem volt fogata, azt bérfuvaros vitte, a konvent gondoskodott erről. A templom értékeit (kegytárgyak, terítők) megmentették, amit lehetett, elrejtettek. A konvent anyagi támogatást nyújtott a győrieket befogadó gyülekezeteknek, segítette a tanulni vágyókat, részükre ösztöndíjat adott. Ez az áldatlan állapot 34 évig tartott. Őseink kitartása, egyházhűsége, istenszeretete mégis megőrizte az egyházat. A helyzetet végül az 1781-es türelmi rendelet oldotta meg. II. József – bár maga hithű katolikus volt – anyjától eltérő módon gondolkodott. Úgy vélte, hogy hit dolgában nem használ az erőszak, az emberekkel kapcsolatban a hasznosság elvét vallotta. Szerinte azt az embert, akinek Isten értelmet adott, az állam szolgálatába kell állítani. Ez a birodalom érdeke. Érvényesüljön tehát a hit szabadsága, mely az alattvalókat az állam szolgálatára készteti.