Ezen a helyen állt egykor a rómaiak Ad Flexum (kitérő, kerülő úti) vára. Az Árpádok idején végvár volt. Besenyők voltak a határőrök. A megye ősi székhelye és központja tulajdonképpen a mosonyi vár volt. Óvár, mint a Győr nemzetség birtoka, az első századokban csak kisebb szerepet játszott. 1564 óta a bécsi udvari kamara kormányzata alá került, ami döntő befolyást gyakorolt a település életére. Mária Terézia Óvárt 1763-ban Krisztina nevű leányának, Albert szász-tescheni herceg nejének adományozta.

Óvárott is bizonyára a német csapatok tábori lelkészei voltak az első igehirdetők, de nevüket nem ismerjük. Miksa főherceg és cseh király idejében azonban már kiváló magyar reformátort találunk itt. Nemcsak Miksa vonzódott a reformációhoz, hanem óvári várparancsnokai is, Vonitzky Zakariás, Rotwitz Illés és Braun Erasmus.

Ezeknek pártfogása alatt kezdte meg reformátori munkáját az 1554. év elején Huszár Gál, aki Oláh Miklós elől valószínűleg a Mátyusföldről vagy Csallóközből menekült ide. Teljes hat évig, viszonylag hosszú ideig működött itt a prédikátor. Áldásos munkáját az ellenség nem nézte tétlenül. Az 1555. év pünkösdjén a pozsonyi és győri káptalan tagjai közül négyen jöttek el Óvárra, hogy vele vitatkozzanak. A régi óvári templom volt a vita színhelye, ahol Huszár Gál olyan fényes győzelmet aratott ellenfelei felett, hogy a hallgatóság gúnyos megjegyzései közepette kellett nekik a templomot elhagyni.

Huszár Gál 1557-ben könyvnyomdát is alapított. A mesterséget Bécsben a híres Hofhalter Rudolf műhelyében tanulta. 1558-ban jelent meg első műve. Irodalmi munkásságával még jobban feltüzelte ellenségeit. Ebben az évben írta, hogy az elmúlt évben iskolát alapított, amely a lelkészképzésre is irányult. (Innen – 1557-től – számítjuk hazánkban az evangélikus lelkészképzést). A katolikus papok meg akarták félemlíteni, de a prédikátor kijelentette, hogy bármikor kész velük vitázni. 1558. április 18-ára beidézték a győri szentszék elé, de Miksa főherceg nem engedte őt elmenni. Óvári lelkészsége idején Huszár Gál összeköttetésben állt a bécsi protestánsokkal, s rajtuk keresztül Bullinger Henrik zürichi lelkésszel is.

Huszárral egy időben és utána német lelkészek szolgáltak Óvárott. Braun Erasmus, a buzgó evangélikus várkapitány továbbra is védte az evangélikus prédikátorokat. 1579-ben, midőn Draskovich György győri püspök Szombathelyre, zsinatra idézte a protestáns lelkészeket is, Braun nem engedte elmenni az uradalombeli lelkészeket.

Óvár későbbi lelki vezetőinek nevét nem ismerjük, de tudni lehet, hogy külön templomuk volt a magyar ajkú reformátusoknak és a német ajkú lutheránusoknak, mindaddig, amíg Harrach Károly gróf 1624-ben mindkettőt el nem foglalta. Az óváriak ezt a sérelmüket az 1673. évi országgyűlés elé terjesztették, de orvoslást csak tíz évvel később, 1647-ben nyertek, ugyanis a VI. törvénycikk 15. paragrafusába felvették, hogy Óváron az egyik templomot a magyar és német evangélikusoknak visszaadják, a paplak és iskola számára pedig a kiküldendő biztosok alkalmas és elegendő helyet jelöljenek ki. Ennek köszönhetően még abban az évben a kisebb régi templomot visszaadták, a paplak és az iskola építésére pedig a Magyar utcában biztosítottak területet. Ebben az időben a lakosság túlnyomó része protestáns volt. A gyülekezeti élet 1665-ben szűnt meg. Az evangélikusok templomát 1673. augusztus 24-én Kollonich Lipót vette el.

A türelmi rendelet után az anyagyülekezetté váló Levél filiájaként élték hitéletüket a magyaróvári hívek. 1922-ben lett a gyülekezet önálló. Első lelkésze Szűcs Sándor volt, aki 1953-ban ment nyugdíjba. Utódja a surdi gyülekezetből meghívott Zámolyi Gyula, aki 1985-ig végezte a szolgálatot. 1985 vízkeresztje óta Kiss Miklós a gyülekezet lelkésze. 2006-tól az egyházközség esperesi székhely.