Püspök a gyülekezet élén

Kapi Béla körmendi lelkészt 1916. augusztus 30-án választotta meg az egyházközség. Szombathelyre már püspökként érkezett. Főpásztori beiktatására a templomban előbb került sor – 1916. december 14-én –, mint lelkészi beiktatására 1917. február 4-én. A püspöki hivatal számára át kellett alakítani a paplakot, ez bizony keservesen zajlott a háborús viszonyok között.

Nehéz évek következtek. 1917-ben elrekviráltak két harangot, 1918-ban pedig 35 ónsípot az orgonából. 1919 májusában (a Tanácsköztársaság idején) az egyházi vagyont likvidálandó bizottság az egyházközség minden értékét leltározta, „őrizetbe vette” a pénzt és a takarékkönyveket. Kapi Béla püspök élete is veszélyben forgott a városi direktórium rosszindulata miatt. 21 hősi halottat gyászolt a gyülekezet. Az infláció miatt elértéktelenedett az egyházközség tőkéje, kamatjövedelme, minden kölcsönkövetelése. Szociális szempontból kettészakadt a gyülekezet, s ez így is maradt évtizedekig: voltak, akik még tudtak adni, de sokan gondoskodásra szorultak.

1924-től tapasztalható a konszolidáció a gyámintézeten keresztül kapott külföldi segély felhasználásával. Még 1923-ban helyreállította az orgonát egykori alkotójának helyi tanítványa. 1927-ben sikerült pótolni a két harangot ismét a Seltenhofer-öntödéből. 1924-ben a templom és a hivatali épület renoválásával újra méltó környezetben fogadhatta a gyülekezet az egyházmegyei, egyházkerületi, lelkészszövetségi gyűlések vendégeit.

Kapi Béla püspök-lelkész gyakorlatában élesen elhatárolódott a kétféle hatáskör. Az egyházközség hivatalos ügyintézése a püspöki másodlelkész feladata volt, 1922–1928 között Schöck Gyuláé. 1922-től két főállású, államilag fizetett hitoktató segédlelkész a hittanórákon és a gyermek-istentiszteleten kívül segített a vasárnap és a szerda esti istentiszteletek megtartásában, a kórházi és a fogházi szolgálatban. A püspök a gyülekezeti élet tartalmi részét tartotta kézben. Vasárnap délelőtti prédikációira zsúfolásig megtelt a templom, nagyheti előadás-sorozatait más vallásúak is hallgatták. A konfirmandusokkal is ő foglalkozott. Szorgalmazta az egyháztársadalmi szerveződést. A nőegylet kb. 200 taggal működött, belőle 1928-ban vált ki a leányegylet. 1922-től fontos szerepet töltött be a Protestáns Kör a nemzeti és a protestáns öntudat ébrentartásában színvonalas kulturális rendezvények szervezésével (hangversenyek, előadóestek, énekkar). E pezsgő élet jól illeszkedett a város szellemi arculatához. Kapi Béla köztiszteletben álló alakja volt a város értelmiségi köreinek, a Vasvármegyei Kultúregyesület elnöke lett. A presbitérium aktív tagjai közül sokan magas állású közéleti személyiségek voltak. Dr. László Kálmánt és dr. Radó Gyulát 1926-tól Jánosy Gábor követte a felügyelői tisztségben 1938-ig.

1928 augusztusában Kapi Béla lemondott szombathelyi lelkészi állásáról, elfogadta a győri meghívást. 1928. október 7-én búcsúzott a gyülekezettől.